日本の組織体制の課題は、SCM部門や生産管理などトレードオフの判断をする部門が生産側や物流側に属する事が多く、全体への采配を振るう位置にいない事が多い。特に、営業部門に対する働きかけを出来る企業はそれほど多くない。製販会議がどの程度機能するかがポイントとなるが、オペレーション上で全体を仕切れる部門の存在が日本の企業には少ない。

日本企業は、現場が強いと良く言われますが、だからと言って、企業（部門）目標を現場に任せていれば自然とSCM全体への改善が進んでいくことはほとんどない。やはり、経営層がSCM全体への継続的な改革への目標（錦の御旗）を明確にして方向性を示す事は重要である。特に、グローバルで見えない範囲を取り扱う時や現代においては、世の中の変化のスピードから、経営環境変化が著しく変動するため、経営層の判断を仰いでいる時間的余裕もなく、ＳＣＭ部門における現場での迅速な意思決定が必要となり、それに対応する組織体制が必要となるが、日本においてはまだ、この考えに基づく組織体制を組めている所は多くないのが現状である。